Az atom csatája véget ért, Kitty Pryde és a múltból jött eredeti X-Men tagjai pedig csatlakoztak Küklopsz iskolájához. Jean, Scott, Bobby, Warren és Hank próbál beilleszkedni az új környezetbe, de főleg az új iskolatársaik közé, ám van, aki nem nézi jó szemmel az ottlétüket.
És ha mindez nem lenne elég, vallási fanatikusok kezdik üldözni a világ mutánsait.
A történet közvetlen folytatása az X-Men: Az atom csatája 2. című kötetnek.
(A kötet tartalma: All-New X-Men #18-21).